Children of Harmony spielt einige Jahre nach den Events aus "Last Problem" und ist ein alternatives Universum vom MLP FIM. In diesem Universum spielt Nebula Spark, die Tochter von Twilight Sparkle und Tempest Shadow die Hauptrolle. Nebula wird von ihren Eltern nach Ponyville geschickt, um sich dort auf die Ausbildung zur Prinzessin zu konzentrieren und Freunde zu finden. Doch Nebula will lieber eine Wache werden als eine Prinzessin, was oft zu Streit mit ihrer Mutter führt. Nebula muss sich zwischen ihrem Traum und ihrer Pflicht entscheiden. Auf ihrem Weg muss sie einige Schwierigkeiten überwinden. Bleibt sie sich selbst treu?